原理
纳米孔是构建在人工膜上的孔径为纳米级的孔道结构，纳米孔孔径大小可容纳一个生物分子，如DNA、RNA、蛋白和多肽等穿过。在纳米孔两端施加一定电压，驱动带电的生物分子穿过纳米通道，由于单个待测分子在穿过孔道过程中的物理占位效应及其与孔道中氨基酸残基的相互作用强度不同，离子流被阻断会产生实时的阻断电流。经信号放大和归类分析可获得生物分子的特征结构及浓度信息，从而实现对待测分子的定性和定量检测.利用这一原理，通过采集体液样本，如血液、唾液、尿液及汗液等，经过前处理步骤，获得其中的DNA或RNA，用纳米孔设备对其进行测序，获得的相关序列与病原微生物指纹数据库进行比对，即可得知病原体的种类，从而为疾病诊断与治疗提供有效信息。
优势
长读长
读长不受限制，取决于经处理的样本片段长度，可完整的展示基因序列，有利于重复序列及结构变异的检测
低成本
与信号采集芯片的分离大幅降低耗材单次使用成本
实时
测序同时输出序列结果，无需长时间等待
便捷
相较于二代测序，设备体积大幅减小，可随时随地进行测序
快速
建库过程相对简单，结果满足要求随时停止测序，大幅压缩测序时间
直接检测
无需PCR扩增，对表观遗传修饰、RNA进行直接测序
应用领域
肿瘤伴随诊断
通过基因测序进行药物受体作用位点的确定，随着靶向药的应用推广，伴随诊断逐步确立起指导治疗的重要地位
遗传病诊断
长读长测序更容易在大片段基因组上发现基因突变，一旦医生知道了特定的基因突变，他们就可以相应地制定治疗方案
环境微生物检测
扩增子测序、宏基因组测序及全基因组测序是目前纳米孔测序技术在环境
病原体检测
纳米孔测序方法比传统方法提高4-6倍，最快可以在4-6小时内完成细菌、病毒和真菌等病原体的检测，整个过程能够对2万多种病原体的种属鉴定、基因型分型给予更高灵敏度和特异性的判读，可实现对耐药基因和毒力因子等信息的全面解读
司法鉴定
基因测序结果为确定参与犯罪的行为提供了强力、不可推诿的证据
农业食品安全
具有免标记、便携、条件温和等优点，可对重金属离子、生物毒素、抗生素、农药残留、非法添加剂等危害物进行检测，在食品安全检测领域得到了广泛应用
